O Instituto das Comunidades Missionárias de Emaús (ICME) é dirigido e administrado pelo Secretariado Nacional. A escolha dos seus membros acontece para um mandato de quatro anos, durante a realização dos “Encontros do Conselho Nacional” (ECNE), podendo seus componentes ser mantidos por mais um período, extinguindo-se seu mandato no ato da posse dos novos membros que os substituírem.

Atualmente o Secretariado Nacional é composto pelos seguintes membros:

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Presidente do Conselho Nacional:
Dom Eduardo Benes de Sales Rodrigues, Arcebispo Emérito de Sorocaba – SP

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Diretor Espiritual:
Pe. Ignácio Pilz

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Assessor do Diretor Espiritual:
Pe. Welder de Carvalho Silva

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Casal-Presidente:
Marcelo Luiz Souza da Eira e Valéria Cristina Peixoto da Eira

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Casal Vice-Presidente:
André das Neves Dameda e Lisete Corrêa Dameda

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1º Tesoureiro:
Rodrigo Dihl Schiffner

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2º Tesoureiro:
Fernando César Faria Cabral

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Administrador da Internet (Webmaster):
Willian José de Carvalho

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1º Secretário:
Rodrigo da Silva

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2ª Secretária:
Santuza de Lima Garcia