O Instituto das Comunidades Missionárias de Emaús (ICME) é dirigido e administrado pelo Secretariado Nacional. A escolha dos seus membros acontece para um mandato de quatro anos, durante a realização dos “Encontros do Conselho Nacional” (ECNE), podendo seus componentes ser mantidos por mais um período, extinguindo-se seu mandato no ato da posse dos novos membros que os substituírem.
Atualmente o Secretariado Nacional é composto pelos seguintes membros:
Presidente do Conselho Nacional:
Dom Eduardo Benes de Sales Rodrigues, Arcebispo Emérito de Sorocaba – SP
Diretor Espiritual:
Pe. Ignácio Pilz
Assessor do Diretor Espiritual:
Pe. Welder de Carvalho Silva
Casal-Presidente:
Marcelo Luiz Souza da Eira e Valéria Cristina Peixoto da Eira
Casal Vice-Presidente:
André das Neves Dameda e Lisete Corrêa Dameda
1º Tesoureiro:
Rodrigo Dihl Schiffner
2º Tesoureiro:
Fernando César Faria Cabral
Administrador da Internet (Webmaster):
Willian José de Carvalho
1º Secretário:
Rodrigo da Silva
2ª Secretária:
Santuza de Lima Garcia